El “Refugio de Vida Silvestre Pantanos de Villa”, posee una característica en particular, su ubicación dentro de un entorno urbano. Esto representa un reto; en cuanto a su conservación, aprovechamiento sostenible y turístico. Dentro de los principales problemas en el refugio; encontramos la excesiva contaminación de las aguas subterráneas. El ecosistema se encuentra expuesto a estos procesos de contaminación por cursos de aguas contaminadas, debido a esta proximidad inmediata con asentamientos humanos. Estas invasiones ubicadas en la zona de amortiguamiento y el mal cuidado del humedal, resultan ser los problemas más difíciles de solucionar.